Le mode "Navigation GPS" est le mode principal de VFR. Il est actif dès le démarrage de l'application.

Si la localisation est activée dans les paramètres d'Android, VFR enregistre automatiquement chaque seconde la trace des positions de l'appareil, même s'il tourne "en tache de fond", tant que le mode "Navigation GPS" est actif.

Lorsqu'on quitte le mode "Navigation GPS", soit en changeant de mode via le menu, soit en quittant, VFR propose d'enregistrer la trace (à condition que celle-ci comporte au moins un déplacement significatif).

Un enregistrement automatique de la trace est également effectué périodiquement. Ainsi, si VFR est quitté "brutalement", soit via le gestionnaire de tâches d'Android, soit suite à un plantage, une panne de batterie ou toute autre interruption non volontaire, lors du redémarrage, VFR propose de reprendre la trace enregistrée automatiquement, soit pour la continuer, soit pour l'enregistrer ou encore la supprimer.

Notez que le bouton "Accueil" tout comme le bouton "précédent" d'Android, ou encore toute autre action basculant sur une autre application que VFR n'aura pas pour effet de quitter VFR mais de le faire basculer "en tâche de fond". Une notification apparaît pour alerter de l'activité de l'application en arrière-plan et pour faciliter le retour au premier plan.

En mode "Navigation GPS", les capteurs de l'appareil Android sont actifs pour enregistrer en permanence la position. Ce mode est donc relativement consommateur de batterie. Lorsque la visualisation et l'enregistrement de la position ne sont pas nécessaires, il est préférable de basculer dans le mode "Préparation", moins gourmand en énergie, ou de quitter VFR.

Quelques fonctionnalités, notamment concernant la modification des routes, ne sont pas disponibles en mode "Navigation GPS" et nécessitent le passage en mode "Préparation". Mais la très grande majorité des fonctionnalités de VFR est accessible en mode "Navigation GPS".