Comme la majorité des applications Android conçues avant l'arrivée de la version 3 du système de Google, VFR utilise un menu initialement accessible par la touche physique "Menu" du téléphone. Depuis Android 3 et l'apparition des tablettes, la touche physique disparaît des appareils pour être remplacée par un bouton dans la barre de tâches.
La plupart du temps, le bouton "Menu" est représenté par l'un de ces symboles : 
Le menu principal de VFR comporte 6 choix détaillés ci dessous :
Menu "Mode" :
VFR propose 3 modes de fonctionnement :
- Le mode "Navigation GPS" est le mode par défaut. Si le GPS est actif (Voir les paramètres de localisation d'Android pour l'activer l'il ne l'est pas) à chaque position reçue par le GPS, l'avion schématisé en bleu turquoise est placé sur la carte à cette position (soit par déplacement de l'avion soit par déplacement de la carte autour de l'avion selon les options d'affichage), les indications des instruments sont mises à jour et le point est ajouté à la trace enregistrée. Un fichier de trace est automatiquement enregistré quand on quitte ce mode ou quand on quitte VFR si la trace comporte au moins 10 points.
- Le mode "Préparation" permet de parcourir la carte et propose une interface basique permettant de créer des routes en insérant successivement des points tournants.
- Le mode "Simulation trace GPS" permet de "rejouer" en temps réel une trace GPS enregistrée avec VFR et ainsi de débriefer un vol ou d'apprendre à mieux utiliser VFR au sol en toute sécurité.
Menu "Affichage" :
Le menu "Affichage" permet de configurer l'écran de VFR.
Il est possible de choisir le fond de carte parmi quatre possibilités :
- Google Map en mode carte routière orientée au nord, avion placé au centre de l'écran.
- Google Map en mode photo satellite orientée au nord, avion placé au centre de l'écran.
- Carte embarquée (téléchargeable gratuitement et basée sur les données libres OpenStreetMap) orientée au nord et l'avion peut être positionné ou l'on veut sur l'écran.
- Carte embarquée orientée cap (la carte tourne pour placer le cap GPS toujours vers le haut de l'écran) et l'avion peut être positionné ou l'on veut sur l'écran.
Les options permettent :
- de basculer l'affichage des vitesses en noeuds ou en km/h
- d'afficher ou non les bases ULM en plus des aérodromes et aéroports.
- d'afficher ou non le "cartouche" des zones contenant le nom, la classe, les limites et les fréquences des espaces aériens. (Ce cartouche et affiché centré sur la zone qu'il décrit ce qui peut engendrer des superpositions qui ne sont pas encore bien gérées dans VFR. Le détail des zones présentes au dessus d'un point géographique est plus lisible en utilisant la fonctionnalité "Informations sur ce point" accessible en touchant simplement la carte au point désiré).
- d'afficher ou nom les espaces aériens au dessus de 5000 pieds AMSL ou 2000 pieds ASFC.
- d'activer ou non le zoom automatique en fonction de la vitesse de l'avion.
- d'afficher ou non l'échelle de la carte.
- de bloquer ou non la mise en veille de l'appareil.
- d'activer ou non le centrage automatique de la carte sur la position de l'avion (si activé, la carte se déplace autour de l'avion, sinon l'avion se déplace sur la carte qui est déplacée manuellement sur l'écran)
- De choisir la disposition des instruments en mode portrait et en mode paysage. Des dispositions personnalisées peuvent être également constituées sous la forme de fichiers de configuration qui peuvent être sélectionnés ici s'ils sont placés dans le dossier adéquat.
- De choisir la taille des textes affichés sur la carte embarquée et les instruments de VFR.
- D'activer l'orientation automatique de VFR en mode portrait ou paysage en fonction de l'accéléromètre ou au contraire de forcer l'orientation souhaitée.
Menu "Route" :
Le menu "Route" permet de gérer les navigations préparées avec VFR ou d'autres logiciels de préparation comme Navigation de François Fouchet ou d'autres permettant d'exporter les routes au format GPX.
Par défaut, seule l'option "Charger..." est active. Elle permet de choisir un fichier se trouvant dans le dossier "routes" de VFR. Une fois qu'une route est chargée (en mode "Navigation GPS" ou "Simulation trace GPS") les options "Point suivant" et "Point précédent" permettent de sélectionner le prochain point tournant de la route à activer. Le point suivant est automatiquement activé lorsque l'avion arrive à moins d'un kilomètre du point actif.
L'option "Supprimer ce point", comme les option "Insérer le prochain point ici" ou "Déplacer le prochain point ici" qui sont disponibles à tout moment par un appui long sur un point de la carte, permet de modifier facilement et temporairement la route active en cours de vol par exemple pour tenir compte d'un aléa météo ou d'une consigne d'un contrôleur.
L'option "Aller vers AD..." permet de lister les AD à 100 km à la ronde par ordre décroissant de distance, ou d'en rechercher un par son code OACI, puis d'obtenir des infos, (comme les bulletins météo par exemple) ou d'accéder à sa carte VAC PDF ou sa fiche BASLUM, ou encore de centrer la carte sur lui ou bien de tracer une route directe depuis la position courante (constamment actualisée) vers cet AD.
L'option "Aller vers..." permet de rechercher un lieu par son nom ou par code. La recherche inclus les AD, les points de report, les points perso, les balises de radio-navigation et les localités. Pour chaque résultat de la requête, il est possible de centrer la carte dessus ou de créer une route directe vers ce point.
L'option "Log..." permet d'afficher le log de navigation dynamique de la route active.
L'option "Désactiver" permet de fermer la navigation en cours (les modifications ne sont pas sauvegardées).
L'option "Enregistrer..." n'est pour l'instant disponible qu'en mode "Préparation" et permet d'enregistrer la trace constituée comme une nouvelle route.
Menu "Données" :
Le menu "Données" permet de gérer les données qui ne sont pas directement installées avec l'application VFR. Ces données sont stockée dans un dossier situé soit dans la mémoire interne de l'appareil Android soit dans un support amovible. Le dossier par défaut est "/sdcard/VFR" qui, en fonction des appareils, se trouve sur la carte SD ou dans la mémoire interne.
Il est possible de choisir l'emplacement de ce dossier grâce à l'option "Dossier de données de VFR" qui permet de parcourir l'arborescence du système de fichier et de définir un nouvel emplacement à condition que celui-ci soit accessible en écriture (symbolisé par un affichage en vert du dossier VFR).
L'option "MAJ de la carte embarquée" permet de télécharger ou de mettre à jour la carte embarquée de VFR depuis le serveur. Le premier téléchargement de la carte embarquée (Environ 500Mo) peut prendre plusieurs heures en WiFi voire beaucoup plus en fonction de la qualité de la connexion ou en 3G. Les mises à jour de la carte embarquée sont relativement rares (une à deux fois par an environ).
L'option "MAJ VAC et BASULM" permet de télécharger ou de mettre à jour la bibliothèque complète des cartes VAC du SIA au format PDF et d'en disposer directement dans VFR, simplement en tapant du doigt sur la localisation d'un AD. Si vous avez choisi l'option d'affichage des bases ULM (dans le menu "Affichage") alors le téléchargement récupère également les fiches BASULM au format PDF. (Attention, pour avoir le droit d'utiliser ces fiches, vous devez vous enregistrer gratuitement sur le site de la FFPLUM). La mise à jour de la bibliothèque se fait à partir du serveur de VFR, il peut donc y avoir un délai de quelques jours entre la publication d'une carte VAC par le SIA ou d'une fiche BASULM et sa mise à disposition sur le serveur pour le téléchargement dans VFR. L'ensemble des cartes VAC plus les fiches BASULM représente environ un volume de 500 Mo.
Attention, en 3G le téléchargement de gros volumes de données, en fonction de votre abonnement, vous conduire à de frais de connexion très élevés. Dans le doute, préférez donc le WiFi !
L'option "Export KML" permet de créer un fichier au format KML (trace Google Earth) à partir d'une ou d'un assemblage de plusieurs traces GPS enregistrées par VFR.
Menu "Aide" :
L'option "Aide en ligne" est un lien pour accéder à cette page avec votre navigateur internet favori.
L'option "Légende AD" liste le code couleur utilisé pour la représentation des AD en fonction de leur type.
L'option "Avertissement" permet d'accéder aux conditions d'utilisations de VFR.
L'option "A propos de VFR" permet d'afficher le numéro de version de VFR et liste la provenance des sources de données.
Menu "Quitter" :
Permet de quitter VFR sans que l'application ne continue en tâche de fond. Stoppe l'enregistrement de la trace GPS et sauvegarde la trace active si celle-ci comporte plus de 10 points. Stoppe également le téléchargement ou la mise à jour de la carte embarquée ou de la bibliothèque VAC / BASULM. (Les données téléchargées ne sont pas perdues pour autant, en cas de reprise, la mise à jour reprend là où elle s'était arrêtée).